본 연구는 생물음향 모니터링(Passive Acoustic Monitoring, PAM)을 통해 수집된 종 수준 조류 발성 데이터를 기반으로, Shannon 및 Simpson 지수를 활용한 조류 종다양성 정량 분석 체계를 제안하고, 이를 제주도에서 생태적으로 대비되는 두 보호지역인 동백동산과 1100고지 습지를 대상으로 실증하였다. 자동녹음장치(Song Meter SM4)를 설치하 여 2020년 1년간 매시간 1분씩 수집한 총 17,568개의 음향 자료를 분석하였으며, 청음 및 소노그램 판독을 통해 종을 식별하고, 종별 발성 탐지량()을 기반으로 상대 발성 빈도()를 산출하여 고전 생태학 지수에 적용하였다. 월 단위로 산출된 다양성 지수는 자기상관 함수 분석, 계층적 군집 분석, 변동계수(CV) 계산, 분산분석(ANOVA) 등의 통계 기법을 통해 시계열적 안정성, 계절 군집 전환, 서식지 간 구조 차이를 비교·해석하였다. 분석 결과, 동백동산 은 연중 다양성과 안정성이 유지된 반면, 1100고지 습지는 계절에 따른 다양성 급감과 군집 재편성이 반복되었다. 본 연구는 종 단위 식별을 기반으로 생물음향 자료를 정량 생태학 지표와 직접 연결할 수 있음을 확인하였다. 이를 통해 기존 음향지수 방식에서 나타나는 정보 부족 문제를 보완할 수 있으며, 음향 기반 자료도 종 구성의 변화를 해석하는 데 유용하게 활용될 수 있음을 보여주었다. 제안된 분석 체계는 생태계 변화의 구조적 추적, 보호지역 관리 효과 진단, 기계학습 기반 자동화 등 다양한 분야로 확장될 수 있어, 국내 조류 생물음향 연구의 이론적 기준점으로 기능할 수 있다.